Η ιστορία της έρευνας ξεκινά το 2000, όταν ο Χάρης Χαρίσης και ο Μάκης Αξιώτης, χαρισματικοί γιατροί με πολυσχιδή φυσιογνωστικά και αρχαιολογικά ενδιαφέροντα, επισκέφτηκαν τα Ροδαφνίδια για να αποτυπώσουν τον νερόμυλο του 19ου αιώνα. Η ανεμελιά της κυριακάτικης εκδρομής συνοδεύτηκε από την παρατήρηση ότι ο οργωμένος λιόφυτος αγρός νότια του μύλου ήταν διάστικτος από εργαλεία αποκρουσμένα σε κερατόλιθο, αφυελωμένο ηφαιστειακό γυαλί, ανδεσίτη και βασάλτη. Την ίδια χρονιά, η δημοσίευση στο περιοδικό Αρχαιολογία και Τέχνες της μελέτης τους «Ίχνη Παλαιολιθικής εγκατάστασης στη Λέσβο» αναγνώριζε τέσσερεις παραδόσεις στη συλλογή από τα Ροδαφνίδια: Αχελαία, πρωτο-Levallois, Levallois και λεπτολιθική, κατέγραφε την απουσία ιχνών στις επιφάνειες των εργαλείων που θα είχαν προέλθει από τη μεταφορά τους από το νερό και πρότεινε ότι τα αντικείμενα είχαν λαξευθεί επιτόπου (Χαρίσης κ.ά. 2000).
Τον Οκτώβριο του 2009, ο Μάκης Αξιώτης οδηγεί το μπλε Volkswagen του στα Ροδαφνίδια με συνεπιβάτες τη Νένα Γαλανίδου και τον Χρόνη Τζεδάκη. Σε όλη τη διαδρομή, το όχημα ξεχειλίζει από το αστείρευτο πάθος του οδηγού για τον γενέθλιο τόπο του. Περιγράφει με ακρίβεια το κάθε φυτό, το κάθε πέτρωμα. Η πρώτη γνωριμία με τα Ροδαφνίδια δεν αφήνει την παραμικρή αμφιβολία ότι οι γιατροί διέγνωσαν σωστά. Κοντά στον νερόμυλο βρίσκεται λιθοτεχνία προετοιμασμένων πυρήνων, αλλά στο κεντρικό και ψηλότερο σημείο του λόφου κυριαρχούν τα χαρακτιριστικά της Κατωτέρης Παλαιολιθικής Εποχής Μεγάλα Κοπτικά Εργαλεία. Πολλά από αυτά είναι χτισμένα στις ξερολιθιές που ορίζουν τις ιδιοκτησίες ή γύρω από τις ρίζες των ελιών, βαριές πέτρες που συγκρατούν τα δίχτυα κατά την ελαιοκομική περίοδο. Κι ενώ στο «πήγαινε» ο μόνος ενθουσιώδης της παρέας ήταν ο οδηγός, στο «έλα» το αυτοκίνητο έχει μετατραπεί σε αερόστατο. Η παρέα πετά με καύσιμο το ευγενές αέριο της ευφορίας από μια σημαντική ανακάλυψη.
Το Νοέμβριο του 2010 ολιγομελής ομάδα εργασίας του Πανεπιστημίου Κρήτης, πραγματοποιεί επιφανειακή σάρωση στα Ροδαφνίδια με προφορική άδεια της τότε εφόρου αρχαιοτήτων. Καθώς προετοιμαζεται το αίτημα προς το Υπουργείο Πολιτισμού για την αδειοδότηση συστηματικής έρευνας, πρέπει να οριοθετηθεί σε τοπογραφικό διάγραμμα η περιοχή ενδιαφέροντος. Οι φθινοπωρινές βροχές έχουν μετατρέψει τον ελαιώνα σε έναν υγρό και καταπράσινο τόπο και από το βάρος της λάσπης τα μποτάκια ζυγίζουν αρκετά κιλά το καθένα. Οι χρωματικές αντιθέσεις τής καλά ποτισμένης γης κάνουν πιο εύκολο τον εντοπισμό ευρημάτων στην επιφάνειά της. Η ομάδα θα μαζέψει χειροπελέκεις και κοπείς και θα επιβεβαιώσει τη σημαντική παρουσία της Αχελαίας παράδοσης στη λιθοτεχνία από τα Ροδαφνίδια. Το δεύτερο εξίσου ενδιαφέρον στοιχείο της ολιγοήμερης έρευνας ήταν η απουσία κεραμικών ευρημάτων. Ο Μιχάλης Σπυριδάκης θα χαρτογραφήσει τα όρια της επιφανειακής διασποράς. Είναι μόνο η αρχή.
Κατά τη διάρκεια της εργασίας στο πεδίο, ο Γιώργος Καρασταμάτης, που διατηρεί τη μοναδική φάρμα με ζώα στα Ροδαφνίδια, με χαρακτηριστική συστολή προσεγγίζει την ομάδα και ρωτά: «Κοπέλες, τι ψάχνετε εδώ;». «O σκύλος δαγγονη» γράφει ο τοίχος της φάρμας του, αλλά το φασαριόζικο τσομπανόσκυλο, η Μπλακ, ανταποκρίνεται στα τρυφερά κελεύσματα της ομάδας. Η μοναχική Μπλακ, θα γίνει ο άγρυπνος φύλακας του αρχαιολογικού χώρου μέχρι την άνοιξη του 2019.
Τον Ιούνιο του 2011, στο καφενείο του κυρίου Παναγιώτη Χατζηπαναγιώτη στην αγορά του Λισβορίου, ο δήμαρχος Δημήτρης Βουνάτσος έχει συγκαλέσει λαϊκή συγκέντρωση. Η ΝΓ, συνοδευόμενη από τον αντιδήμαρχο Νίκο Κατράνη, ξεδιπλώνει στους κατοίκους της κοινότητας το όραμά της για έρευνα με επίκεντρο τα Ροδαφνίδια. Η «αγορά», η πλατεία του χωριού, είναι κατεξοχήν ανδρική επικράτεια και η παρουσία μιας γυναίκας εκεί αξιοπερίεργο γεγονός. Την αρχική δυσπιστία απέναντι στην αρχαιολόγο ακολουθεί η έκπληξη και η απορία. Μπορεί πραγματικά η γη εκείνη να κρύβει τέτοια μυστικά; «Αυτό που σας ζητώ είναι να με αφήνετε να σκάβω τη γη σας για λίγους μήνες το χρόνο. Σας υπόσχομαι να την επιστρέφω όπως ακριβώς τη βρήκα. Βοηθήστε με να αποκαλύψω τι κρύβει το υπέδαφός της και ίσως κάποτε να μπορούμε να ονειρευτούμε μαζί ένα διαφορετικό αύριο». Η συνάντηση ολοκληρώνεται με χαμόγελα ελπίδας.
Τον Αύγουστο-Σεπτέμβριο του 2012, το Πανεπιστήμιο Κρήτης πραγματοποιεί την πρώτη ερευνητική αποστολή. Θα ακολουθήσουν αρχαιολογικές αποστολές τον Μάϊο του 2013, τον Ιούλιο του 2013, τον Ιούλιο-Αύγουστο του 2014, τον Μάρτιο-Απρίλιο του 2015, τον Ιούνιο 2015, τον Αύγουστο-Σεπτέμβριο του 2015, τον Μάρτιο-Απρίλιο 2016 και τον Αύγουστο-Σεπτέμβριο του 2016 οπότε και ολοκληρώθηκε το πρώτο πενταετές πρόγραμμα έρευνας πεδίου.
Το 2017 ανανεώθηκε η αδειοδότηση για τη δεύτερη πενταετία (2017-2021) συστηματικής αρχαιολογικής έρευνας. Η πρώτη αποστολή στο πεδίο πραγματοποιήθηκε τον Αύγουστο-Σεπτέμβριο του 2017, και οι επόμενες τον Ιούλιο-Αύγουστο του 2018, τον Οκτώβριο του 2018, τον Απρίλιο του 2019, τον Αύγουστο-Σεπτέμβριο του 2019, τον Ιούλιο του 2020 και τον Οκτώβριο-Νοέμβριο του 2020.